Benchmarking whole exome sequencing in the German network for personalized medicine

Publikation: Beitrag in FachzeitschriftForschungsartikelBeigetragenBegutachtung

Beitragende

  • Michael Menzel - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Mihaela Martis-Thiele - , Technische Universität München (Autor:in)
  • Hannah Goldschmid - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Alexander Ott - , Eberhard Karls Universität Tübingen (Autor:in)
  • Eva Romanovsky - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Janna Siemanowski-Hrach - , Universität zu Köln (Autor:in)
  • Lancelot Seillier - , Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen, Universitätsklinikum Aachen, Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf (Autor:in)
  • Nadina Ortiz Brüchle - , Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen, Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf (Autor:in)
  • Angela Maurer - , Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (Autor:in)
  • Kjong Van Lehmann - , Universitätsklinikum Aachen, Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Universität zu Köln, Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (Autor:in)
  • Matthias Begemann - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (Autor:in)
  • Miriam Elbracht - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (Autor:in)
  • Robert Meyer - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf (Autor:in)
  • Sebastian Dintner - , Universität Augsburg (Autor:in)
  • Rainer Claus - , Universität Augsburg (Autor:in)
  • Jan P. Meier-Kolthoff - , Universität Augsburg (Autor:in)
  • Eric Blanc - , Berliner Institut für Gesundheitsforschung in der Charité (Autor:in)
  • Markus Möbs - , Charité – Universitätsmedizin Berlin (Autor:in)
  • Maria Joosten - , Charité – Universitätsmedizin Berlin (Autor:in)
  • Manuela Benary - , Berliner Institut für Gesundheitsforschung in der Charité, Charité – Universitätsmedizin Berlin (Autor:in)
  • Patrick Basitta - , Universität Bonn (Autor:in)
  • Florian Hölscher - , Universität Bonn (Autor:in)
  • Verena Tischler - , Universität Bonn (Autor:in)
  • Thomas Groß - , Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden (Autor:in)
  • Oliver Kutz - , Institut für Klinische Genetik, Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden, Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung (Partner: DKTK, DKFZ), Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (Autor:in)
  • Rebecca Prause - , Umweltmonitoring und Endokrinologie (FoG), Deutsches Zentrum für Diabetesforschung (DZD e.V.), Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden (Autor:in)
  • Doreen William - , Institut für Klinische Genetik, Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung (Partner: DKTK, DKFZ), Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden, Deutsches Zentrum für Diabetesforschung (DZD e.V.), Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (Autor:in)
  • Kai Horny - , Universitätsklinikum Düsseldorf (Autor:in)
  • Wolfgang Goering - , Universitätsklinikum Düsseldorf (Autor:in)
  • Sugirthan Sivalingam - , Universitätsklinikum Düsseldorf (Autor:in)
  • Arndt Borkhardt - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Heinrich Heine Universität Düsseldorf, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Cornelia Blank - , Universitätsklinikum Düsseldorf (Autor:in)
  • Stefanie V. Junk - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Heinrich Heine Universität Düsseldorf (Autor:in)
  • Layal Yasin - , Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Heinrich Heine Universität Düsseldorf (Autor:in)
  • Evgeny A. Moskalev - , Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Universitätsklinikum der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Bayerische Zentrum für Krebsforschung (BZKF) (Autor:in)
  • Maria Giulia Carta - , Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Universitätsklinikum der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Bayerische Zentrum für Krebsforschung (BZKF) (Autor:in)
  • Fulvia Ferrazzi - , Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Universitätsklinikum der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Bayerische Zentrum für Krebsforschung (BZKF) (Autor:in)
  • Lars Tögel - , Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Universitätsklinikum der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, Bayerische Zentrum für Krebsforschung (BZKF) (Autor:in)
  • Steffen Wolter - , Universitätsklinikum Freiburg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Freiburg (Autor:in)
  • Eugen Adam - , Universitätsklinikum Freiburg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Freiburg (Autor:in)
  • Uta Matysiak - , Universitätsklinikum Freiburg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Freiburg (Autor:in)
  • Tessa Rosenthal - , Georg-August-Universität Göttingen (Autor:in)
  • Jürgen Dönitz - , Georg-August-Universität Göttingen (Autor:in)
  • Ulrich Lehmann - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Gunnar Schmidt - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Stephan Bartels - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Winfried Hofmann - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Steffen Hirsch - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Nicola Dikow - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Kirsten Göbel - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Rouzbeh Banan - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Stefan Hamelmann - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Annette Fink - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Markus Ball - , Universität Heidelberg, Translational Lung Research Center Heidelberg (TLRC) - DZL-Standort Heidelberg (Autor:in)
  • Olaf Neumann - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Jan Rehker - , Universität zu Köln (Autor:in)
  • Michael Kloth - , Universitätsmedizin Mainz (Autor:in)
  • Justin Murtagh - , Universitätsmedizin Mainz (Autor:in)
  • Nils Hartmann - , Universitätsmedizin Mainz (Autor:in)
  • Phillip Jurmeister - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Andreas Mock - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Jörg Kumbrink - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Andreas Jung - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Eva Maria Mayr - , Technische Universität München (Autor:in)
  • Anne Jacob - , Technische Universität München (Autor:in)
  • Marcel Trautmann - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Santina Kirmse - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Kim Falkenberg - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Christian Ruckert - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Daniela Hirsch - , Universität Regensburg (Autor:in)
  • Alexander Immel - , Universität Regensburg (Autor:in)
  • Wolfgang Dietmaier - , Universität Regensburg (Autor:in)
  • Tobias Haack - , Eberhard Karls Universität Tübingen (Autor:in)
  • Ralf Marienfeld - , Universität Ulm, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Axel Fürstberger - , Universität Ulm, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Jakob Niewöhner - , Universität Ulm, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Uwe Gerstenmaier - , Universität Ulm, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Timo Eberhardt - , Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm, Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) (Autor:in)
  • Philipp A. Greif - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) (Autor:in)
  • Silke Appenzeller - , Julius-Maximilians-Universität Würzburg (Autor:in)
  • Katja Maurus - , Julius-Maximilians-Universität Würzburg (Autor:in)
  • Julia Doll - , Julius-Maximilians-Universität Würzburg (Autor:in)
  • Yvonne Jelting - , Julius-Maximilians-Universität Würzburg (Autor:in)
  • Danny Jonigk - , Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen, Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Deutsche Zentrum für Lungenforschung (DZL) (Autor:in)
  • Bruno Märkl - , Universität Augsburg (Autor:in)
  • Dieter Beule - , Berliner Institut für Gesundheitsforschung in der Charité (Autor:in)
  • David Horst - , Charité – Universitätsmedizin Berlin (Autor:in)
  • Anna Lena Wulf - , Universität Bonn (Autor:in)
  • Daniela Aust - , Institut für Pathologie, Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden, Deutsches Zentrum für Diabetesforschung (DZD e.V.), Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden (Autor:in)
  • Martin Werner - , Universitätsklinikum Freiburg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Freiburg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Kirsten Reuter-Jessen - , Georg-August-Universität Göttingen (Autor:in)
  • Philipp Ströbel - , Georg-August-Universität Göttingen (Autor:in)
  • Bernd Auber - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Felix Sahm - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Sabine Merkelbach-Bruse - , Universität zu Köln (Autor:in)
  • Udo Siebolts - , Universität zu Köln (Autor:in)
  • Wilfried Roth - , Universitätsmedizin Mainz (Autor:in)
  • Silke Lassmann - , Universitätsklinikum Freiburg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Freiburg (Autor:in)
  • Frederick Klauschen - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Nadine T. Gaisa - , Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen, Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) Aachen Bonn Cologne Duesseldorf, Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Wilko Weichert - , Technische Universität München (Autor:in)
  • Matthias Evert - , Universität Regensburg (Autor:in)
  • Sorin Armeanu-Ebinger - , Eberhard Karls Universität Tübingen (Autor:in)
  • Stephan Ossowski - , Eberhard Karls Universität Tübingen (Autor:in)
  • Christopher Schroeder - , Eberhard Karls Universität Tübingen (Autor:in)
  • Christian P. Schaaf - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Nisar Malek - , Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm, Universitätsklinikum Tübingen (Autor:in)
  • Peter Schirmacher - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Daniel Kazdal - , Universität Heidelberg, Translational Lung Research Center Heidelberg (TLRC) - DZL-Standort Heidelberg (Autor:in)
  • Nicole Pfarr - , Technische Universität München (Autor:in)
  • Jan Budczies - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm (Autor:in)
  • Albrecht Stenzinger - , Universität Heidelberg, Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM) Ulm, Translational Lung Research Center Heidelberg (TLRC) - DZL-Standort Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)

Abstract

Introduction: Whole Exome Sequencing (WES) has emerged as an efficient tool in clinical cancer diagnostics to broaden the scope from panel-based diagnostics to screening of all genes and enabling robust determination of complex biomarkers in a single analysis. Methods: To assess concordance, six formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens and four commercial reference standards were analyzed by WES as matched tumor-normal DNA at 21 NGS centers in Germany, each employing local wet-lab and bioinformatics. Somatic and germline variants, copy-number alterations (CNAs), and complex biomarkers were investigated. Somatic variant calling was performed in 494 diagnostically relevant cancer genes. The raw data were collected and re-analyzed with a central bioinformatic pipeline to separate wet- and dry-lab variability. Results: The mean positive percentage agreement (PPA) of somatic variant calling was 76 % while the positive predictive value (PPV) was 89 % in relation to a consensus list of variants found by at least five centers. Variant filtering was identified as the main cause for divergent variant calls. Adjusting filter criteria and re-analysis increased the PPA to 88 % for all and 97 % for the clinically relevant variants. CNA calls were concordant for 82 % of genomic regions. Homologous recombination deficiency (HRD), tumor mutational burden (TMB), and microsatellite instability (MSI) status were concordant for 94 %, 93 %, and 93 % of calls, respectively. Variability of CNAs and complex biomarkers did not decrease considerably after harmonization of the bioinformatic processing and was hence attributed mainly to wet-lab differences. Conclusion: Continuous optimization of bioinformatic workflows and participating in round robin tests are recommended.

Details

OriginalspracheEnglisch
Aufsatznummer114306
FachzeitschriftEuropean journal of cancer
Jahrgang211
PublikationsstatusVeröffentlicht - Nov. 2024
Peer-Review-StatusJa

Externe IDs

PubMed 39293347

Schlagworte

ASJC Scopus Sachgebiete

Schlagwörter

  • Clinical exome, Molecular pathology, Multi-centric inter-laboratory test, Precision oncology, Whole exome sequencing