Active Loop Extrusion Guides DNA-Protein Condensation

Publikation: Beitrag in FachzeitschriftForschungsartikelBeigetragenBegutachtung

Beitragende

  • Ryota Takaki - , Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme (Autor:in)
  • Yahor Savich - , Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Zentrum für Systembiologie Dresden (CSBD) (Autor:in)
  • Jan Brugués - , Exzellenzcluster PoL: Physik des Lebens, Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Zentrum für Systembiologie Dresden (CSBD) (Autor:in)
  • Frank Jülicher - , Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme, Zentrum für Systembiologie Dresden (CSBD), Technische Universität Dresden (Autor:in)

Abstract

The spatial organization of DNA involves DNA loop extrusion and the formation of protein-DNA condensates. While the significance of each process is increasingly recognized, their interplay remains unexplored. Using molecular dynamics simulation and theory we investigate this interplay. Our findings reveal that loop extrusion can enhance the dynamics of condensation and promotes coalescence and ripening of condensates. Further, the DNA loop enables condensate formation under DNA tension and position condensates. The concurrent presence of loop extrusion and condensate formation results in the formation of distinct domains similar to TADs, an outcome not achieved by either process alone.

Details

OriginalspracheEnglisch
Aufsatznummer128401
Seitenumfang7
FachzeitschriftPhysical review letters
Jahrgang134
Ausgabenummer12
PublikationsstatusVeröffentlicht - 28 März 2025
Peer-Review-StatusJa

Schlagworte

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