Sarcoma classification by DNA methylation profiling

Publikation: Beitrag in FachzeitschriftForschungsartikelBeigetragenBegutachtung

Beitragende

  • Christian Koelsche - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Daniel Schrimpf - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Damian Stichel - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Martin Sill - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Felix Sahm - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • David E. Reuss - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Mirjam Blattner - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Barbara Worst - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Christoph E. Heilig - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Katja Beck - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Peter Horak - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Simon Kreutzfeldt - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Elke Paff - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Sebastian Stark - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Pascal Johann - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Florian Selt - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Jonas Ecker - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Dominik Sturm - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Kristian W. Pajtler - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Annekathrin Reinhardt - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Annika K. Wefers - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Philipp Sievers - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Azadeh Ebrahimi - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Abigail Suwala - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Francisco Fernández-Klett - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Belén Casalini - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Andrey Korshunov - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Volker Hovestadt - , Broad Institute of Harvard University and MIT, Massachusetts General Hospital (Autor:in)
  • Felix K.F. Kommoss - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Mark Kriegsmann - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Matthias Schick - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Melanie Bewerunge-Hudler - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Till Milde - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Olaf Witt - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Andreas E. Kulozik - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Marcel Kool - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Laura Romero-Pérez - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) (Autor:in)
  • Thomas G.P. Grünewald - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) (Autor:in)
  • Thomas Kirchner - , Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) (Autor:in)
  • Wolfgang Wick - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Michael Platten - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Andreas Unterberg - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Matthias Uhl - , Universität Heidelberg, OncoRay - National Centre for Radiation Research in Oncology (Autor:in)
  • Amir Abdollahi - , Universität Heidelberg, OncoRay - National Centre for Radiation Research in Oncology, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Jürgen Debus - , Universität Heidelberg, OncoRay - National Centre for Radiation Research in Oncology, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Burkhard Lehner - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Christian Thomas - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Martin Hasselblatt - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Werner Paulus - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Christian Hartmann - , Medizinische Hochschule Hannover (MHH) (Autor:in)
  • Ori Staszewski - , Albert-Ludwigs-Universität Freiburg (Autor:in)
  • Marco Prinz - , Albert-Ludwigs-Universität Freiburg (Autor:in)
  • Jürgen Hench - , Universität Basel (Autor:in)
  • Stephan Frank - , Universität Basel (Autor:in)
  • Yvonne M.H. Versleijen-Jonkers - , Radboud University Nijmegen (Autor:in)
  • Marije E. Weidema - , Radboud University Nijmegen (Autor:in)
  • Thomas Mentzel - , Medizinisches Versorgungszentrum (MVZ) Dermapathologie Friedrichshafen/Bodensee PartG (Autor:in)
  • Klaus Griewank - , Universität Duisburg-Essen (Autor:in)
  • Enrique de Álava - , Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Universidad de Sevilla (Autor:in)
  • Juan Díaz Martín - , Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) (Autor:in)
  • Miguel A.Idoate Gastearena - , Clinica Universidad de Navarra (CUN) (Autor:in)
  • Kenneth Tou En Chang - , KK Women's and Children's Hospital (Autor:in)
  • Sharon Yin Yee Low - , Singapore Health Services (Autor:in)
  • Adrian Cuevas-Bourdier - , Laboratoire National de Santé (Autor:in)
  • Michel Mittelbronn - , Laboratoire National de Santé, Luxembourg Institute of Health, University of Luxembourg (Autor:in)
  • Martin Mynarek - , Universität Hamburg (Autor:in)
  • Stefan Rutkowski - , Universität Hamburg (Autor:in)
  • Ulrich Schüller - , Universität Hamburg, Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum Hamburg gGMBH (Autor:in)
  • Viktor F. Mautner - , Universität Hamburg (Autor:in)
  • Jens Schittenhelm - , Universitätsklinikum Tübingen (Autor:in)
  • Jonathan Serrano - , New York University (Autor:in)
  • Matija Snuderl - , New York University (Autor:in)
  • Reinhard Büttner - , Universität zu Köln (Autor:in)
  • Thomas Klingebiel - , Universitätsklinikum Frankfurt (Autor:in)
  • Rolf Buslei - , Sozialstiftung Bamberg - Klinikum am Bruderwald (Autor:in)
  • Manfred Gessler - , Julius-Maximilians-Universität Würzburg (Autor:in)
  • Pieter Wesseling - , Princess Máxima Center for Pediatric Oncology, Vrije Universiteit Amsterdam (VU) (Autor:in)
  • Winand N.M. Dinjens - , Erasmus University Rotterdam (Autor:in)
  • Sebastian Brandner - , University College London (Autor:in)
  • Zane Jaunmuktane - , University College London (Autor:in)
  • Iben Lyskjær - , University College London (Autor:in)
  • Peter Schirmacher - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Albrecht Stenzinger - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Benedikt Brors - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Hanno Glimm - , Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden, Translational Functional Cancer Genomics Group, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung (DKTK) - Dresden, Nationales Zentrum für Tumorerkrankungen (NCT) Dresden (Autor:in)
  • Christoph Heining - , Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden, Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung (Partner: DKTK, DKFZ), Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung (DKTK) - Dresden, Nationales Zentrum für Tumorerkrankungen (NCT) Dresden (Autor:in)
  • Oscar M. Tirado - , Institut d'Investigació Biomedica de Bellvitge (IDIBELL) (Autor:in)
  • Miguel Sáinz-Jaspeado - , Institut d'Investigació Biomedica de Bellvitge (IDIBELL) (Autor:in)
  • Jaume Mora - , Hospital Sant Joan de Déu Barcelona (Autor:in)
  • Javier Alonso - , Instituto de Salud Carlos III (Autor:in)
  • Xavier Garcia del Muro - , Universitat de Barcelona (Autor:in)
  • Sebastian Moran - , Institut d'Investigació Biomedica de Bellvitge (IDIBELL) (Autor:in)
  • Manel Esteller - , Institut d'Investigació contra la Leucèmia Josep Carreras, CIBER - Centro de Investigación Biomédica en Red, ICREA, Universitat de Barcelona (Autor:in)
  • Jamal K. Benhamida - , Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Autor:in)
  • Marc Ladanyi - , Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Autor:in)
  • Eva Wardelmann - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Cristina Antonescu - , Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Autor:in)
  • Adrienne Flanagan - , Royal National Orthopaedic Hospital NHS Trust, University College London (Autor:in)
  • Uta Dirksen - , Universität Duisburg-Essen (Autor:in)
  • Peter Hohenberger - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Daniel Baumhoer - , Universität Basel (Autor:in)
  • Wolfgang Hartmann - , Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Autor:in)
  • Christian Vokuhl - , Universitätsklinikum Schleswig-Holstein Campus Kiel (Autor:in)
  • Uta Flucke - , Radboud University Nijmegen (Autor:in)
  • Iver Petersen - , SRH Wald-Klinikum Gera, Friedrich-Schiller-Universität Jena (Autor:in)
  • Gunhild Mechtersheimer - , Universität Heidelberg (Autor:in)
  • David Capper - , Charité – Universitätsmedizin Berlin (Autor:in)
  • David T.W. Jones - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Stefan Fröhling - , Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)
  • Stefan M. Pfister - , Hopp Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ), Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Universität Heidelberg (Autor:in)
  • Andreas von Deimling - , Universität Heidelberg, Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) (Autor:in)

Abstract

Sarcomas are malignant soft tissue and bone tumours affecting adults, adolescents and children. They represent a morphologically heterogeneous class of tumours and some entities lack defining histopathological features. Therefore, the diagnosis of sarcomas is burdened with a high inter-observer variability and misclassification rate. Here, we demonstrate classification of soft tissue and bone tumours using a machine learning classifier algorithm based on array-generated DNA methylation data. This sarcoma classifier is trained using a dataset of 1077 methylation profiles from comprehensively pre-characterized cases comprising 62 tumour methylation classes constituting a broad range of soft tissue and bone sarcoma subtypes across the entire age spectrum. The performance is validated in a cohort of 428 sarcomatous tumours, of which 322 cases were classified by the sarcoma classifier. Our results demonstrate the potential of the DNA methylation-based sarcoma classification for research and future diagnostic applications.

Details

OriginalspracheEnglisch
Aufsatznummer498
FachzeitschriftNature communications
Jahrgang12
Ausgabenummer1
PublikationsstatusVeröffentlicht - 1 Dez. 2021
Peer-Review-StatusJa

Externe IDs

PubMed 33479225