Die konditionale Geninaktivierung wird verwendet, um ein Gen kontrolliert in einem bestimmten Gewebe oder zu einem bestimmten Zeitpunkt auszuschalten. Standartmäßig wird dafür heutzutage das Cre/lox-System benutzt. Dabei ermöglicht die Rekombinase Cre die Entfernung von DNA-Abschnitten, die von zwei sogenannten lox-Sequenzen flankiert werden. Dieser Vorgang des Flankierens ist jedoch sehr zeit- und arbeitsintensiv. Er erfordert anspruchsvolle Genomveränderungen und mehrere Generationen, bis das eigentliche Experiment der konditionalen Geninaktivierung durchgeführt werden kann. Eine neue Methode, Cre-Controlled CRISPR oder kurz 3C, stellt nun eine wesentliche Vereinfachung dar. 3C erlaubt eine schnellere Versuchsdurchführung und zusätzlich eine Markierung der Zellen, die die putative Geninaktivierung in sich tragen. Darüber hinaus sollte zukünftig die gleichzeitige konditionale Inaktivierung mehrerer Gene möglich sein