Eine abiotische Beschreibung und Bewertung von Oberflächengewässern bildet eine Grundlage zur Charakterisierung des ökologischen Gewässerzustandes. Sie erfordert umfangreiche Daten zur Wasserqualität sowie Hydrologie und Morphologie. Im Projekt BOOT-Monitoring wurde ein integriertes Erhebungskonzept mit einem bootgestützten Messsystem und fernerkundlichen Methoden entwickelt, um Daten zu Fließgewässern längskontinuierlich zu erfassen. Konfigurationen des Messsystems werden für einen Tiefland- und einen Mittelgebirgsfluss vorgestellt. Eine quasi kontinuierliche Darstellung der Gewässermorphologie wird eingeführt und unter Nutzung von Fernerkundungsdaten, Ultraschall-Doppler-Profil-Strömungsmessungen (ADCP) und Echolotmessungen ausgewertet. Die Interpolation der Lage der Gewässersohle aus gleichzeitig aufgenommenen Tiefendaten mit einem ADCP und einem schwenkbaren Echolot dient als Grundlage für die Ableitung von Querprofilen. Diese werden mit longitudinalen Geschwindigkeits- und Konzentrationsprofilen kombiniert um die Entwicklung von Durchfluss und Fracht im Gewässerverlauf zu quantifizieren. Am Beispiel von Längsprofilen der Nitrat- und Arsenkonzentration werden Einschränkungen bei der Auswertung konventioneller ortsfester Schöpfproben demonstriert. Auf Grundlage der untersuchten Beispiele werden Potentiale, Herausforderungen und Grenzen des Erhebungskonzepts reflektiert und zukünftige Forschungsfragen vorgeschlagen.